何谓书院，书院最初是指读书的书楼。以官立书院为例，起初是中央政府官方修书、藏书、校书、偶尔也为皇帝讲经的场所，本质上是政府的办公机构。开元六年（公元718年），玄宗皇帝下诏改东都洛阳“乾元殿”之名为“丽正殿”（又名丽正修书院、丽正书院）。开元十三年（公元725年），又再次下诏改“丽正殿”为“集贤殿”（又名集贤殿书院、集贤书院）。可见当时书院的性质，尚无教书育人之职能。
众所周知，唐代的雕版印刷术极为发达，使得书籍的质量不仅得以改善，而且数量大增。为民间或私家藏书创造了比较好的条件。因而唐中叶之后，各地民间或私人创建的书舍、书屋、书楼、书堂、书院之类的设施涌现。又因为官方丽正书院、集贤书院等首先以书院命名为“修书之地”“藏书之所”，“书院”之名便在民间更广泛地流行起来。这些书院广泛地分布于今天全国各地，只是单纯的供私人或者官方查阅修订书籍，相当于今天的图书馆。而书院真正具有学校性质，是在唐末和五代基本形成的。并在宋代基本确立下来
定制
宋初，官方利用唐代以来出现的书院，通过赐书、赐额、赐田、召见山长等方式加以扶持，使其替代官学，为国家培养人才，从而形成了一批颇有影响的书院。如今天闻名的岳麓、白鹿洞、石鼓、嵩阳、应天府、茅山等书院，都是因教学有功获得御赐而扬名的。在统治阶级的扶持下，书院的教育教学功能得到强化，并逐步获得了获得社会的认同。
及至南宋，大理学家朱熹在讲学的过程中吸取各方利弊，在各地大儒的帮助下，书院作为一种正式学校教育制度，终于有了自己完整的规章制度。朱熹在《衡州石鼓书院记》中就明确指出：“予惟前代庠序之教不修，士病无所于学，往往相与择胜地，立精舍，以为群居讲习之所，而为政者乃或就而褒表之。”这段文字就是对书院很好的定性。
宋代创建书院大约711所，分布在今天全国18个省、区、市。其分布主要有三个特点：一是范围明显扩大，广西、海南、甚至今天的香港都有了书院；二是数量猛增，书院分布由点状变为片状，出现几大密集区，尤其江西、浙江、福建这三个科举大省为主位；三是发展极不平衡，陕西、山西、河南、河北只有19所书院，仅占全国书院总数的2.7%，文化重心明显南移，南方完全取代中原成为教育与学术中心。
成熟
书院的数量在明代进一步增长。据统计，明代书院总数可能达到2000多所，远超唐宋元三个朝代总和，其中新建的书院有1699所之多。
随着书院的不断壮大，明朝书院也日渐地分为两类：一是重授课与考试的考课式书院，同于官学甚至有很多就是退休的朝廷高官创办；另一种则更注重学术研究，经常有各学派互相讲会、问难、论辩的讲会式书院，然而统治者处于维持统治的目的考虑，往往对这些书院采取打压的态度。不少书院更是直接被朝廷禁毁，例如著名的东林书院。
事实上，明朝书院还有一个发展态势，那就是总体上由先进发达地区向边远落后地区推进，两广地区书声朗朗，标志着书院的发展进入了成熟期推广阶段。
末路
然而好景不长，清军入关，江山改朝换代，清初统治者面临相当严重的地方残余势力反抗，为了应对南明，三藩，台湾等势力的割据，担心书院的自由讲学之风会撼动统治基础，统治者实行严酷的文化禁锢政策。严格控制书院活动，抑制书院发展，并使之官学化。顺治九年（公元1652年）朝廷明令禁止私人创建书院。雍正十一年（公元1733年）清政府在各省城设置书院，后各府、州、县相继创建书院。乾隆年间，官立书院剧增。绝大多数书院都成为以考课为中心的科举预备学校。这些措施有力地保障了清政府在南方的统治，但也极大的打压了学术思想的发展。尤其是康雍乾三朝，文字狱大兴，知识分子的脊梁被打断。学院成为了清政府控制思想的工具，逐渐的丧失了其原有的学术研究与讨论的职能。
第一次鸦片战争后，随着西方新式学校及其制度的引入，光绪皇帝于1901年诏令全国书院一律改为新学堂，中国书院及其制度就此结束。
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